Al finalizar la comida regresamos a Javier, con tiempo de sobra para visitar la Basílica y la Iglesia en honor a la Anunciación de nuestra Señora.

En el lugar que los padres de San Francisco Javier construyeron el llamado Palacio Nuevo, para las habitaciones de la familia, con el tiempo se construyó una pequeña Iglesia como memoria de que allí había nacido el santo. La Duquesa de Villahermosa, descendiente de la familia de Javier, encargó al arquitecto Ángel Goicoechea la construcción de una nueva Basílica entre 1896 y 1901, más acorde con el esplendor que pretendía para la zona. En su pavimento se señalan los muros del Palacio Nuevo y se ha colocado una placa recordando el lugar del nacimiento de Francisco.

La portada, de estilo neo-románico, contiene en el tímpano los nombres de los distintos lugares de Europa, África y Asia que recorrió Francisco. En los capiteles se han tallado diversas escenas que ilustran la vida del santo.

En el altar mayor resalta la gran imagen de San Francisco Javier de J. Suñol, flanqueada por doce santos jesuitas (a su derecha: Francisco de Borja, Pedro Claver, Francisco Regis, Francisco de Jerónimo, Pablo Miki y el beato Ignacio Acebedo; a su izquierda: Luis Gonzaga, Juan Berchmans, Estanislao de Kostka, Alonso Rodríguez, Juan de Goto y Diego Kisay). Sobre varias puertas se encuentran pinturas italianas obra de Caparoni.

A la salida nos dirigimos a la Iglesia en honor a la Anunciación de nuestra Señora, lugar en el que fue bautizado San Francisco Javier. La iglesia, tal y como está ahora, se recuperó en 1702 según el gusto barroco. Anteriores, de 1674 son los retablos laterales del Sagrado Corazón y de la Virgen aprendiendo a leer con sus padres. Por las mismas fechas se pudo esculpir el Crucificado que se sitúa sobre el sepulcro de doña Violante, tía materna del santo.

En el retablo central, realizado a mediados del siglo XVIII, destacan los tres lienzos principales que representan a la Anunciación, San Ignacio redactando las Constituciones de la Compañía de Jesús y San Francisco Javier, de interesante factura barroca.

Santa María de Javier preside el Altar Mayor. Se trata de una talla de madera policromada pertenece a la segunda mitad del siglo XIII.

Lo que empezó siendo una torre defensiva y de vigilancia entre los reinos de Navarra y Aragón fue ampliándose con diversos recintos y murallas. Además de la familia propietaria, en su interior vivían bastantes jornaleros, hombres de campo, con sus familias. La demolición de las zonas defensivas (torres, matacanes, etc.) facilitó que el conjunto se habilitara más bien como refugio de los hombres y mujeres que trabajaban en él. A finales del siglo XIX, la Duquesa de Villahermosa y Condesa de Javier decidió restaurarlo, devolviéndole su esplendor. Para ello, restauró el interior, remodelando una zona como habitación de los Padres Jesuitas, y construyó unas casas rodeando la entrada del Castillo (la actual plaza), una de las cuales usó para su familia.

Varios trabajos conducidos por José María Recondo y José Luis Alberdi, con la supervisión del arquitecto D. Valentín Gamazo, restauraron la Torre del Homenaje y otros puntos concretos del mismo, al quedar libres las estancias que ocupaban los jesuitas y poderse dedicar todo el castillo a las visitas de turistas y peregrinos.

En 1995, ante la inminencia de la celebración del quinto centenario del nacimiento de San Francisco, se encargó al arquitecto D. Antón López de Aberásturi la restauración del castillo con criterios modernos y conjugando la realidad histórica del castillo y el hecho de haber sido la cuna de San Francisco, santo de fama universal.

El puente levadizo da acceso a la puerta principal, protegida por un matacán y coronada por los escudos familiares: un conjunto grabado con las armas de los Jasso y Azpilcueta, que flanquean a dos ángeles tenantes que sostienen el escudo del señorío de Javier.

José Luis López Furió y Josep Blasco i Canet construyeron en 1967 las doce esculturas que resumen los momentos más significativos de la vida de S. Francisco. Se visitan al descender al sótano del Castillo.

Las antiguas caballerizas del Castillo distribuidas en tres pisos contienen objetos de arte, esquemas, planos y documentos, junto con una maqueta a escala del castillo, cálices, cuadros y grabados.

Pasando al cuerpo central del castillo se accede a la Sala Grande ante la cual es fácil imaginar la vida familiar de los señores del Castillo. Esta sala era el comedor, la cocina, el hogar y el salón donde tenían lugar largas veladas y confidencias familiares.

Encima de la sala grande hay actualmente un Oratorio de factura moderna, pero reflejando la construcción antigua, que ofrece al visitante acceso visual a la Capilla del Cristo, lo que permite a los grupos un uso religioso del lugar.

Bajando por la escalera del cojo, se entra en el recinto más antiguo del castillo formado por la base de la Torre del Homenaje, la Capilla de San Miguel, patrono del Castillo, y la llamada habitación del Santo, donde vivió San Francisco desde joven hasta que en 1525 salió hacia la universidad de París.

La Capilla del Cristo es el mayor tesoro del castillo. Ocupa la denominada torre del Cristo, un espacio reducido usado originalmente por la familia como lugar de culto y oración. Las paredes están decoradas por unos importantes frescos del siglo XV, únicos en España, que representan la Danza de la Muerte. Preside la estancia un Cristo sonriente, tallado en madera de nogal, probablemente del S. XV (aunque algunos lo pensaron anterior). La tradición confiesa que sudó sangre el día que murió Francisco frente a las costas de China.

Por unas escaleras antiguas, desgastadas, se llega al patio de armas en el que se conserva el aljibe para abastecer de agua el Castillo, así como un pequeño espacio que servía de cárcel. Al llegar al lugar de entrada resulta fácil imaginar que el acceso original era de dirección contraria: de la entrada se accedía, a través del patio de armas, a las escaleras del Cristo y a la sala grande, núcleo del castillo, que ahora se visitan al final.